BlastStation2 Help

はじめに

BlastStation入門

　FASTAデータの入力

　ジョブ投入

　結果の見方

リモートBLAST検索

　EBI NCBI-Blast

　EBI WU-Blast2

ローカルBLAST検索

　データベースのダウンロード

　データベースの作成

　検索マシンの選択

使用方法詳細

　ジョブの削除

　ジョブのバックアップ

　ジョブのリストア

　データベースの削除

　データベースフォルダ変更

　検索パラメータの設定

　検索結果画面のナビゲーション

　検索結果のエクスポート

　検索結果のFASTAエクスポート

　環境設定

　データフォルダ

メニューレファレンス

　BlastStationメニュー

　Fileメニュー

　Editメニュー

　Jobメニュー

　Toolsメニュー

　Helpメニュー

www.BlastStation.com

はじめに

BlastStation2はBLASTを使って相同性検索をするプログラムです。 EBI(European Bioinformatics Institute)のNCBI-BlastあるいはWU-Blast2(Washington University BLAST)プログラムを使ってネットワーク経由でリモート検索することもできますし、お手持ちのパソコン上でNCBI BLAST検索をすることもできます。
　

BlastStation2の主な特徴

• EBIのBLASTサーバーを用いたNCBI-Blast検索（RESTウェブサービス経由）

• EBIのBLASTサーバーを用いたWU-Blast2検索（RESTウェブサービス経由）

• ローカルパソコンでBLAST検索。必要なプログラムは内蔵しているのでプログラムのダウンロードやインストールの手間無し 。NCBI BLAST 2.2.25をベースにしたプログラムを使用。

• マルチコアを使用した高速ローカルBLAST検索

• NCBIからデータベースファイルをダウンロードして即座にローカルBLAST検索可能

• FASTAファイルあるいはFASTQファイルからワンタッチでデータベースファイルを作成してローカルBLAST検索可能

• Multi-FASTAデータの連続投入、中断、再開機能

• BLAST検索パラメータ、FASTAデータ、検索結果の管理機能

• 検索結果のグラフィカル表示

• 検索結果の表形式表示

• 検索結果の表計算プログラムへのエクスポート

• 検索結果配列をFASTAフォーマットでエクスポート

動作環境

• Mac OS X 10.4.11、Mac OS X 10.5.8、Mac OS X 10.6.8以降
• PowerPCまたはIntelプロセッサ
• 512 MB RAM