BlastStation2 Help
はじめに
BlastStation入門
FASTAデータの入力
ジョブ投入
結果の見方
リモートBLAST検索
EBI NCBI-Blast
EBI WU-Blast2
ローカルBLAST検索
データベースのダウンロード
データベースの作成
検索マシンの選択
使用方法詳細
ジョブの削除
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データベースの削除
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検索結果のFASTAエクスポート
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検索マシンの選択
BLAST検索を実行するマシンとして「Local」をBLAST Machineから選択すると、現在選択されているプログラムで使用できるデータベースがデータベースプルダウンメニューに表示されます。もしも使用できるデータベースが存在しない場合は警告が表示されます。たとえば、blastnには env_nt や nt などのDNAデータベースが必要ですし、blastpには env_nr や nr などのプロテインデータベースが必要です。
スタンドアローンBLASTプログラムは選択されたデータベースをすべてメモリー上に読み込もうとするので、大量のメモリー消費によりパソコンの動作は遅くなります。もしも大きなデータベースを用いたローカルBLAST検索を頻繁に行うのであれば、メモリースワッピングによるパフォーマンスの低下を避けるために、十分な量のRAMを搭載することをお勧めいたします。