Windows用NCBI Blast+ Webアプリ

Windows版NCBI Blast+はNCBIから無料でダウンロードできますが、従来あったWWWBLASTのようなWebアプリは提供されていないので、コマンドプロンプトから長いオプションを入力しなければならず使い勝手がよくありません。
そこで我々はNCBIがAWSなどのクラウドLinux用に開発したWebアプリをWindowsに移植しました。 このアプリは64ビット版Windows 7とWindows 10での動作を確認しています。

もしも下記の手順がわからないときはBlastStation2またはBlastStation-Local64をお試しになることをお勧めします。直感的な操作方法、驚くほどの使い易さ、検索結果の表計算プログラムへのエクスポート、検索結果配列をFASTAフォーマットでエクスポートなどの特徴を持ったBlastStationを使えば５分以内にBlast検索を開始できます。

    

 動作条件

  • 64ビット版Windows 7、Windows 10

 動作環境の準備

 XAMPPのインストール

ブラウザを起動しhttp://127.0.0.1/にアクセスします。もしも「このページにはアクセスできません」といったページが表示されなかった時はいずれかのソフトが デフォルトのWWWポート８０を使用しています。この場合はサポートに連絡してください。
  • ブラウザで XAMPPウェブサイトを訪問します。
  • XAMPP for Windowsをダウンロードします。現在の最新バージョンは5.6.30です。
  • ダウンロードしたインストーラをダブルクリックして起動します。
  • インストーラの指示に従ってインストールします。
  • Select Componentsでは下図のようにApacheとPHPのみを選択します。XAMPP Control Panelは起動しないようにします。

 strawberry perlのインストール

  • ブラウザで strawberry perlウェブサイトを訪問します。
  • 64-bit MSI editionをダウンロードします。現在の最新バージョンは5.26.0.1です。
  • ダウンロードしたインストーラをダブルクリックして起動します。
  • インストーラの指示に従ってインストールします。
  • インストールが終了したら、Windowsコマンドプロンプトを起動して以下のコマンドを１行ずつ実行し、必要なモジュールを追加します。
    • cpanm CGI::Application
    cpanm HTML::Table
    cpanm --force Log::Log4perl
    cpanm Carp::Assert
    cpanm Data::Uniqid
    cpanm Number::Bytes::Human

 アプリのインストール

NCBI BLAST+ 2.6.0が同梱されています。
  • webblastwin.zipをダウンロードします。
  • webblastwin.zipを解凍します。中にはblast, cgi-bin, htdocsの三つのフォルダーがあります。
  • blastフォルダーをC:\にコピーします。
  • cgi-binフォルダー内のすべてのファイルをC:\xampp\cgi-binにコピーします。
  • htdocsフォルダー内のすべてのファイルをC:\xampp\htdocsにコピーします。

 サーバーソフトの起動

  • Windowsエクスプローラを起動し、C:\blast\binを開きます。
  • webblast_start.batをダブルクリックします。

 BLASTデータベースの追加

  • makeblastdbを使用してBLASTデータベースを作成します。
  • データベースファイルをすべてC:\blast\blastdb_customにコピーします。

 アプリの使用方法

 Blast+ Webアプリへのアクセス

  • ChromeあるいはFirefoxなどのブラウザを起動します。
  • http://127.0.0.1/にアクセスします。

 Blast+ジョブの投入

  • クエリ配列をQuery fieldにコピーペーストします。
  • 使用するDatabaseを選びます。
  • 使用するProgramを選びます。
  • Optional Parametersを選びます。
  • BLASTボタンをクリックします。

 Blast+ジョブin Progress

  • In progressページが表示されます。

 Blast+検索結果の表示

  • Reuqest IDをクリックします。
  • Blast+検索結果が表示されます。

 Blast+ジョブの管理

  • ページ上部のRecent Resultsメニューをクリックします。
  • RIDをクリックすると検索結果が表示されます。
  • 赤いXをクリックするとジョブを削除できます。
Copyright © TM Software, Inc. All Rights Reserved.