Mac用NCBI Blast+ Webアプリ
Mac版NCBI Blast+はNCBIから無料でダウンロードできますが、従来あったWWWBLASTのようなWebアプリは提供されていないので、コマンドプロンプトから長いオプションを入力しなければならず使い勝手がよくありません。NCBIがAWSなどのクラウドLinux用に開発したWebアプリ をMacに移植しました。
macOS 10.12 SierraとOS X 10.11 El capitanでの動作を確認しています。
もしも下記の手順がわからないときはBlastStation2 またはBlastStation-Local64 をお試しになることをお勧めします。直感的な操作方法、驚くほどの使い易さ、検索結果の表計算プログラムへのエクスポート、検索結果配列をFASTAフォーマットでエクスポートなどの特徴を持ったBlastStationを使えば５分以内にBlast検索を開始できます。
動作環境の準備
必要なモジュールを内蔵したコンパイル済みperlのインストール
バイナリパッケージをダウンロード バイナリパッケージをデスクトップにダウンンロードします。
ターミナルを起動して以下のコマンドを実行します。
cd /; sudo tar xfz ~/Desktop/webblastmacperl.tgz
Macに内蔵のapacheウェブサーバー設定ファイルを変更
ターミナルを起動して以下のコマンドを実行します。
cd /etc/apache2; sudo cp -p httpd.conf httpd.conf.BAK; sudo bash -c 'cat httpd.conf | sed -e "s/#LoadModule cgi_module/LoadModule cgi_module/" | sed -e "s/#LoadModule php5_module/LoadModule php5_module/" | sed -e "s/#AddHandler cgi-script/AddHandler cgi-script/" > httpd.conf'
アプリのインストール
NCBI BLAST+ 2.6.0が同梱されています。
webblastmac.tgz をデスクトップにダウンロードします。ターミナルを起動して以下のコマンドを実行します。
cd ~/Desktop
sudo tar xfz webblastmac.tgz
webblastmacフォルダーの中にblast, CGI-Executables, Documentsの三つのフォルダーがあります。
cd ~/Desktop/webblastmac
sudo cp -pr blast /
sudo cp -pr CGI-Executables/* /Library/WebServer/CGI-Executables
sudo cp -pr Documents/* /Library/WebServer/Documents
sudo apachectl start
BLASTデータベースの追加
makeblastdbを使用してBLASTデータベースを作成します。
データベースファイルをすべて/blast/blastdb_customにコピーします。
アプリの使用方法
Blast+ Webアプリへのアクセス
ChromeあるいはFirefoxなどのブラウザを起動します。
http://127.0.0.1/index.phpにアクセスします。
Blast+ジョブの投入
クエリ配列をQuery fieldにコピーペーストします。
使用するDatabaseを選びます。
使用するProgramを選びます。
Optional Parametersを選びます。
BLASTボタンをクリックします。
Blast+ジョブin Progress
Blast+検索結果の表示
Reuqest IDをクリックします。
Blast+検索結果が表示されます。
Blast+ジョブの管理
ページ上部のRecent Resultsメニューをクリックします。
RIDをクリックすると検索結果が表示されます。
赤いXをクリックするとジョブを削除できます。
