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Blast2GO 3.1 Basicでローカルデータベースを利用する方法
Windows版

Blast2GOローカルデータベースは2017年1月7日付けのGOデータベースで作成しました。

Gene Ontology Consortiumがデータベースダンプファイルの作成を終了したため、新しくBlast2GOローカルデータベースを作成できなくなりました。 新しいデータベースファイルが手に入るようになりましたら再開しますが、その時期は未定です。


無料のBlast2GO 3.1 Basicアカウントでローカルデータベースを利用して高速マッピングする方法をご紹介します。

Blast2GOで高速マッピングを行うにはローカルデータベースを使用すると良いのですが、 無料のBlast2GO 3.1 Basicではローカルデータベースは使用できないようになっておりパブリックデータベースしか使えないため、日本からはマッピングは非常に遅くなっています。 高速マッピングを行うためにローカルデータベースを使用するには高額(アカデミックユーザでも850ユーロ/年)なPROアカウントが必要になります。
ここでご紹介する方法ではBlast2GO 3.1本体には一切手を付けずに、Blast2GO 3.1 Basicアカウントでローカルデータベースを利用できるようになります。

ローカルデータベースを用いるとBlast2GOのマッピングはパブリックデータベース使用時のほぼ250倍の速度になります。ベンチマークの結果はこちらでご覧ください。
ここでご紹介する方法ではmysqlコマンドを使う必要はありません。Windowsのコマンドプロンプトを開く必要さえありません。 64ビット Windows 7, Windows 8.1, Windows 10で動作を確認しています。

動作環境

  • 64ビット Windows 7, Windows 8.1, Windows 10
  • 200 GB以上のディスク空き容量

ローカルデータベース設定方法

  • 管理者権限のあるアカウントでWindowsにログインします。
  • 200 GB以上のディスク空き容量があることを確認します。
  • http://www.7-zip.org/ から64-bitのexeファイルをダウンロードしてインストールします。7-Zipはデータベースファイルをunzip解凍するのに必要になります。Windows付属のコマンドでは正常に解凍できません。
  • データベースダウンロードリンクをクリックし、ページの上部左にある File -> Downloadをクリックしてすべてのファイルをダウンロードします。ファイル名は b2g31mysql-201701.zip, b2gdb1-201701.zip, b2gdb2-201701.zip, b2gdb3-201701.zip, b2gdb4-201701.zip, b2gdb5-201701.zip, b2gdb6-201701.zipです。すべてのファイルをあわせると約40 GBになります。2017年1月7日付けのgo_monthly-assocdb-data.gzを使用してあります。
  • それぞれzipファイルをマウスで選択し、マウスの右ボタンをクリックします。表示されるメニューから7-Zip -> Extract Hereを選択します。 すべてのzipファイルについてこの作業を行うとb2gdbとmysqlという名前のフォルダーができます。b2gdbフォルダーには142個のファイルが、mysqlフォルダーには69個のファイルがあります。 解凍したすべてのファイルサイズは約140 GBになります。b2gdbフォルダーの名前をb2g_sep15に変更します。
  • http://dev.mysql.com/downloads/mysql/5.6.html#downloads からWindows(x86, 64-bit) MySQL Installer MSIファイルをダウンロードしてインストールします。インストールの詳細は http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/windows-installation.html をご覧ください。最新のMySQLは5.7ですが、データベースファイルはMySQL5.7と互換性が無いので、5.6を使用します。
  • Windowsコントロールパネルから システムとセキュリティ、管理ツール、サービスに行きます。
  • MySQL56を停止します。
  • Windowsエクスプローラを起動しMySQL data folder内にあるmysql フォルダーを削除します。インストール時にデフォルト値を使っていればMySQL data folder はC:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.6\dataになっているはずです。
  • mysqlフォルダーとb2g_sep15フォルダーをMySQL data folderに移動します。
  • MySQL56を開始します。

Windowsソフトの使用方法

  • 次のダウンロードボタンをクリックします。
  • ダウンロードしたファイル(b2g-localdb-enabler.msi)をダブルクリックしてインストールの指示に従ってインストールします。
  • アンインストールするときはコントロールパネル内からb2g-localdb-enablerをアンインストールします。
  • b2g-localdb-enablerを起動し、メンバー情報を入力してサインインします。
  • "ON"ボタンをクリックしてローカルデータベースの使用を開始します。"OFF"ボタンをクリックしてローカルデータベースの使用を終了します。 ソフトを終了するとBlast2GOはパブリックデータベースを使用します。

高速マッピング方法

  • b2g-localdb-enablerを起動し、メンバー情報を入力してサインインしてから"ON"ボタンをクリックします。
  • Blast2GO 3.1を起動します。
  • まだの場合はBlast2GO BasicのActivation Keyを取得して入力してください。
  • 普通にBlast2GOでマッピングしてください。Blast2GOはローカルデータベースを使用します。
  • マッピング/アノーテーション中に万が一メンバーシップが切れても、Blast2GOを終了するまではBlast2GOはローカルデータベースを使用します。
  • 注意事項:Blast2GOでマッピングを開始する間に必ずb2g-localdb-enablerをONにしてください。
  • 注意事項:b2g-localdb-enablerをOFFにするのはBlast2GOを終了してからにしてください。